这样安稳的局面，持续了半月之久。可就在众人以为宇宙将彻底迎来永恒和平时，情节迎来第一次反转——宇宙各处突然传来剧烈的能量波动，共生本源、混沌本源、暗生本源同时出现共振现象，三种本源能量相互交织、相互侵蚀，上古遗迹的共生池、暗生秘境的封印、共生池底的混沌本源碎片，同时爆发出刺眼的光芒，能量紊乱到了极致。
星羽正在宇宙边缘排查防御，瞬间感受到这股诡异的共振能量，他脸色骤变，立刻手持共生权杖，朝着上古遗迹疾驰而去，同时用意识联系苍玄、灵渊与幻梦璃：“各位，三大本源出现异常共振，能量紊乱，立刻前往上古遗迹汇合，查明原因！”
此时的上古遗迹，早已一片混乱。共生池的泉水剧烈翻滚，金色的共生能量与黑色的混沌能量、暗紫色的暗生能量交织，池水被污染，上古祭文的光芒忽明忽暗，原本稳固的封印正在快速减弱；灵渊全力催动器灵之力，试图稳定共生本源的能量，却被共振的能量反噬，浑身剧痛，肉身出现裂痕；幻梦璃则在解读上古石碑时，发现石碑上的祭文正在快速消退，一段隐藏的秘辛缓缓浮现，让她脸色惨白。
“星羽，我知道本源共振的原因了！”幻梦璃的声音带着急切，“上古石碑记载，三大本源相互制衡的关键，是上古祭文的‘本源锚定术’，而这门术法，当年是由上古共生强者与玄夜共同创立的！玄夜背叛后，暗中篡改了祭文，留下了后手，如今他的残魂正在复苏，通过篡改的祭文，操控三大本源共振，目的是打破本源制衡，夺取三大本源的力量，重塑肉身，再次掀起宇宙战乱！”
“玄夜的残魂？”星羽脸色骤变，“当年我们击溃玄夜，明明已经彻底净化了他的残魂，怎么还会有残留？”
苍玄此时也赶到了上古遗迹，他语气凝重：“是我疏忽了。当年玄夜背叛时，曾将一缕核心残魂，藏在了暗生本源之中，借助暗生能量的掩护，躲过了我们的净化。如今他借助三大本源的共振，唤醒了这缕残魂，同时与暗生本源建立了深度绑定，想要借助暗生能量，融合混沌本源与共生本源，彻底复苏，甚至超越当年的战力！”
话音刚落，一股磅礴的黑暗能量，从暗生秘境的方向疾驰而来，瞬间笼罩了上古遗迹。黑暗能量中，一道熟悉的身影缓缓浮现，他身着黑色战甲，面容俊朗却带着刺骨的寒意，周身缠绕着暗生能量与混沌能量，正是上古叛徒——玄夜的残魂所化，只是此时的他，能量比当年更加浓郁，眼神中满是贪婪与疯狂。
“哈哈哈，星羽，好久不见，没想到吧，本座还能回来！”玄夜发出阴冷的大笑，“当年本座一时大意，被你们击溃，今日，本座借助三大本源的共振，唤醒残魂，绑定暗生本源，很快就能融合三大本源，重塑肉身，统治整个宇宙！你们这些渺小的后辈，还有苍玄这个叛徒，今日，都将成为本座复苏的养料！”
玄夜抬手挥出一道巨型黑暗能量光柱，光柱中交织着暗生能量与混沌能量，朝着星羽五人攻去。星羽立刻手持共生权杖，催动心核中的灵汐之力与平衡之力，形成一道能量屏障，挡住黑暗能量光柱的攻击。“玄夜，你这个叛徒，当年背叛上古共生文明，危害宇宙和平，今日，我们必再次击溃你，彻底净化你的残魂，守护三大本源！”
战斗一触即发，苍玄与灵渊立刻并肩朝着玄夜冲去，上古能量与器灵之力交织，朝着玄夜发起攻击；幻梦璃则全力催动意识能量，试图修复被篡改的上古祭文，重新激活本源锚定术，压制三大本源的共振；寂弦此时也带领战士们赶到，立刻部署防御，牵制玄夜召唤出的暗生邪物；曦光则全力催动真序能量，净化被黑暗能量污染的共生池，同时守护共生心核，防止灵汐的本源能量被侵蚀。
可玄夜的战力，远超众人的想象。他绑定暗生本源后，不仅能操控暗生能量与混沌能量，还能借助三大本源的共振，不断吸收能量，战力持续暴涨。苍玄与灵渊的攻击，落在玄夜身上，只能留下短暂的裂痕，很快就被他吸收的本源能量修复；星羽的平衡之力，虽然能克制黑暗能量，却被三大本源的共振干扰，威力大幅下降，能量屏障也被黑暗能量不断侵蚀，出现大量裂痕；幻梦璃试图修复祭文，却被玄夜的意识能量干扰，祭文不仅无法